海科館構築在北部火力發電廠原址，該址原為一狹長海溝，當地人或稱為「碧水巷」，分隔「八斗子島」與「臺灣島」。因日本殖民統治時代，為將臺灣工業化，必須發展電力設施，於1937（昭和12）年進行填海造陸工程興建當時亞洲最新式的大型火力發電廠，原狹長海溝「碧水巷」因而消失。為保留歷史記憶，現今主題館建築物西南側中央的活動廣場，即「碧水巷」原址，命名為「碧水巷廣場」，以保留對地理歷史文化的足跡。